Arima Genomics schließt Kundenvalidierung ab und führt Arima-HiChIP-Kits und -Dienstleistungen ein

SAN DIEGO–(BUSINESS WIRE)–Arima Genomics, Inc., ein Biotechnologieunternehmen, das sich auf die beschleunigte Übernahme von Genomstrukturinformationen in die medizinische Forschung, Diagnose und Therapie konzentriert, gab heute die vollständige kommerzielle Einführung der HiChIP-Anwendung bekannt, die auf der bestehenden Arima-HiC-Plattform aufbaut. Mit dieser Einführung können Forscher nun in einem einzigen Experiment weitreichende Chromatin-Interaktionen erhalten, die spezifisch an genomischen Stellen angereichert sind, die von Proteinen von Interesse besetzt sind, was eine schnelle Entdeckung und Veröffentlichung bei reduzierten Kosten ermöglicht.

Mit dieser öffentlichen Einführung werden die erfolgreiche Marktentwicklung und die Beta-Testprogramme abgeschlossen, die weitere Beweise für den Marktbedarf, eine verbesserte Produktleistung mit verbesserter Qualitätskontrolle und wertvolles Feedback aus Kundenvalidierungen lieferten. „Wir sind mit den mit dem Arima-HiChIP-Protokoll gewonnenen Daten sehr zufrieden“, sagte Tamas Ordog, Professor für Physiologie an der Mayo-Klinik. „Die Ergebnisse zeigen eine hervorragende Reproduzierbarkeit und eine ausgezeichnete Gesamtqualität, und das Kit spart Zeit und Sequenzierungskosten. Wir schätzen besonders die einfachen Qualitätskontrollschritte und die einfache Handhabung – insgesamt ist Arima HiChIP von großem Wert.“ Der Meinungsführer Peter Scacheri, Professor an der Case Western University und Mitglied des Case Comprehensive Cancer Center, erklärte: „Wir freuen uns über den informativen Charakter und die Qualität der Arima-HiChIP-Daten.“

HiChIP-Daten können über die mechanistische Grundlage der Genregulation informieren sowie darüber, wie diese letztendlich zu einem Krankheitszustand führt. „Die Anreicherung für aktive Chromatinmerkmale durch H3K27ac oder H3K4me4 HiChIP ermöglicht unsere Entdeckung von hochauflösenden Chromatin-Schleifen-Ereignissen, die die Genkontrolle in Muskelstammzellen während des Übergangs von einem Ruhezustand zu ihrer Verpflichtung zur Differenzierung in regenerierende Myofasern erleichtern, während der Muskelregeneration bei gesunden Bedingungen, beim Altern oder bei Krankheiten wie Muskeldystrophien“, sagte Lorenzo Puri, Professor, Entwicklungs-, Alterungs- und Regenerationsprogramm am Sanford Burnham Prebys Medical Discovery Institute.

In Anerkennung des Wertes von HiChIP und in Ermangelung kommerziell validierter Kits hatte die wissenschaftliche Gemeinschaft diese Biochemie selbst hergestellt. „Wir haben HiChIP selbst hergestellt, weil es entscheidende Erkenntnisse liefert, die zuvor durch getrennte HiC- und ChIP-Seq-Experimente gewonnen wurden“, sagte Yin Shen, Assistant Professor an der Universität von Kalifornien, San Francisco, die die Genetik der Neuropsychiatrie untersucht. „Arima-HiChIP erzeugte eine überlegene Datenqualität und Reproduzierbarkeit selbst bei unseren anspruchsvollsten terminal differenzierten neuronalen Proben, bei denen unsere Homebrew-Version zuvor versagte, und ersparte uns damit erhebliche Wiederholungskosten.“

Das Feedback und die von den ersten Kunden generierten Daten halfen auch, die Positionierung von HiChIP im Kontext verwandter Assays wie HiC und ChIP-Seq zu verstehen. Während HiC insbesondere den globalen Rahmen der Genomorganisation widerspiegelt, bereichert HiChIP für gezielte Chromatin-Interaktionen, die von spezifischen genomischen Orten von Forschungsinteresse ausgehen. Je nach den Anforderungen der Studie kann ein Forscher umfassende HiC, feinere Auflösung von HiChIP oder beides nutzen. „Die kombinierte Analyse dieser HiChIP-Daten mit unseren genomweiten HiC-Daten ist entscheidend für unser Verständnis sowohl der breiteren Kompartimentierung und der topologischen Rahmenbedingungen, die die Genregulation beeinflussen, als auch der Verbindungen mit feinerer Auflösung zwischen spezifischen cis-Regulationselementen“, fügte Puri hinzu.

Wichtig ist, dass die Chromatin-Interaktionsdaten von HiChIP die inhärente Faltung (und Fehlfaltung) des Genoms in drei Dimensionen widerspiegeln und dass diese Daten auch Aspekte falsch regulierter Gene auf einem umgestalteten Krebs-Chromosom informieren können – kritische Erkenntnisse, die in den traditionellen ChIP-Seq-Experimenten verpasst wurden. „Wir beobachten nicht nur intra-chromosomale cis-regulierende Interaktionen zwischen Krebsgenomen, sondern auch inter-chromosomale ektopische cis-regulierende Interaktionen auf umgestalteten Chromosomen. Wir glauben, dass diese Daten dazu beitragen werden, die Beziehung zwischen genetischen und epigenetischen Treiberereignissen bei Krebs besser abzugrenzen“, fügte Scacheri hinzu.

Als Antwort auf die Kundenbedürfnisse nach Datenanalyse arbeitete das Unternehmen mit akademischen Partnern zusammen, um gemeinschaftsvalidierte Open-Source-Bioinformatik-Tools wie MAPS zu optimieren. Die Arima-MAPS-Pipeline gibt automatisch leicht verständliche Qualitätskontrollstatistiken aus und generiert auf Knopfdruck des Benutzers Chromatin-Interaktionsheatmaps und Arc-Plots, die in Genom-Browsern leicht visualisiert werden können. Zusätzlich zu den optimierten Datenanalysen ist der Fokus des Unternehmens auf die Verbesserung des Kundendienstes und des Supports Teil seiner nachhaltigen Bemühungen, die Probenentnahme und Veröffentlichung zu beschleunigen. „Das technische Support-Team von Arima war hervorragend“, fügte Ordog hinzu.

Das Unternehmen hat HiChIP auf seiner bestehenden Arima-HiC-Plattform entwickelt, um sowohl HiC als auch HiChIP aus einem universellen Arima-Kit zu ermöglichen. Darüber hinaus hat das Unternehmen seinen Betrieb skaliert und sein kommerzielles Team verstärkt, um diese Bausätze weltweit zugänglich zu machen. „Die Einführung unserer kundenvalidierten Arima-HiChIP-Kits und -Dienste stellt einen bedeutenden Meilenstein dar, da sie sowohl die Kommerzialisierung eines gezielten HiC-Ansatzes als auch eine Verbesserung der traditionellen ChIP-Seq ermöglicht“, sagte Joseph Spidle, Commercial Director bei Arima Genomics. „Unser Ziel ist es, die Arima-HiC-Plattform um sinnvolle und wissenschaftlich relevante Anwendungen zu erweitern, während wir die Verfügbarkeit genomischer struktureller Erkenntnisse demokratisieren, um die Grundlagen- und krankheitsbezogene Forschung zu beschleunigen.“

Über Arima Genomics

Arima Genomics, Inc., ist ein Biotechnologieunternehmen, dessen Ziel die Beschleunigung des Verständnisses von Sequenz und Struktur des Genoms sowie deren Funktion für Gesundheit, Krankheit und die Entwicklung der Art ist. Weitere Informationen finden Sie hier: http://www.arimagenomics.com.

Die Ausgangssprache, in der der Originaltext veröffentlicht wird, ist die offizielle und autorisierte Version. Übersetzungen werden zur besseren Verständigung mitgeliefert. Nur die Sprachversion, die im Original veröffentlicht wurde, ist rechtsgültig. Gleichen Sie deshalb Übersetzungen mit der originalen Sprachversion der Veröffentlichung ab.

Contacts

Siddarth Selvaraj

CEO, Arima Genomics

sid@arimagenomics.com